ソースの修正を行う際は、普段みなさんがJavaを開発するときと同様、「Javaパースペクティブ」「Java EE パースペクティブ」で修正します。
（パースペクティブは「ウィンドウ＞パースペクティブを開く」から選択できます。）

ソースの修正を行うと、そのソースファイルの左側に「＞」記号が付きます。
これが変更があったファイルの目印になるのです。

新たにファイルを追加した場合、ファイルアイコンに「？」記号が付きます。
これはまだGit管理下に置かれていないことを意味します。

ではファイルを削除した場合はどうなるでしょう？
ファイルを右クリックしてメニューを表示し「×削除」を押してみてください。
「Javaパースペクティブ」上からファイルがなくなります。
しかしこの場合「削除されました」という情報は、まだコミットもされていませんしプッシュもされていません。
つまり、「作業ディレクトリ」においては削除されたけれども、「ローカルリポジトリ」「リモートリポジトリ」には反映されていない状態です。
もう少し正確に言うと「ステージング」に上がっている状態です。「Gitステージング」を表示してみましょう。
削除したファイルに黒い「×」アイコンがついた状態で、「Gitステージング」に表示されていることが分かります。

そして、このようにステージングに上がった状態のファイルは、「Javaパースペクティブ」上で見ると、黒い「＊」アイコンが付いた状態で表示されます。

また、上記のアイコン達は、当該ファイルが存在するディレクトリにも同様に表示されますので、わざわざ全ファイルを見なくても、どのディレクトリにどのようなステータスのファイルがあるのかは判断がつけられるのです。

コミットには他の方法もあります。
変更したファイルを直接右クリックし、「チーム＞コミット」を選択する方法です。
この場合はステージングを経由せずに直接コミットが行えるので簡単と言えば簡単ですが、
ステージングのことを意識することがないので、最初のうちはGitステージングを利用した方がいいかもしれません。